该Cre小鼠与FloxP小鼠交配后，在Cre特异表达的组织或者器官或细胞中，两个FloxP位点间的外显子或元件将被删除，达到条件性敲除或过表达的目的。
Cre-loxP重组系统是一种位点特异的基因重组技术，被广泛应用于特异位点的基因敲除、基因插入、基因翻转和基因易位，在真核生物和原核生物中均有广泛应用。 Cre 蛋白是一种重组酶，是causes recombination的缩写，于1981 年从 P1 噬菌体中被发现，属于 λInt 酶超基因家族。Cre 重组酶基因编码区序列全长1029bp，编码 38kDa 蛋白质，Cre 重组酶是由 343 个氨基酸组成的单体蛋白。LoxP 位点，是 locus of X-over P1的缩写，是位于 P1 噬菌体中的 34bp 序列，由两个 13bp 的反向回文序列和 8bp 的中间间隔序列共同组成，间隔序列决定 loxP 的方向，loxP 位点的序列如下所示：
13bp 8bp 13bp ATAACTTCGTATA-NNNTANNN-TATACGAAGTTAT
当细胞基因组内存在两个 loxP 位点时，一旦有 Cre 重组酶出现，就会诱导两个 loxP 位点间的序列发生重组。首先，Cre 重组酶结合到两个 13bp 的回文序列形成二聚体，然后这个二聚体和另外一个 loxP 位点上的二聚体结合，形成四聚体。LoxP 位点是有方向的，形成四聚体的两个 loxP 位点是平行的，随后这两个 loxP 位点间的双链 DNA 被 Cre 重组酶切掉，然后切口在 DNA 连接酶的作用下重新连接。
重组的结果取决于两个 loxP 位点的方向，主要有以下几种可能：
1. 如果两个 loxP 位点位于一条 DNA 链上，且方向相同，Cre 重组酶能有效敲除两个 loxP 位点间的序列；
2. 如果两个 loxP 位点位于一条 DNA 链上，但方向相反，Cre 重组酶能导致两个 loxP 位点间的序列翻转；
3. 如果两个 loxP 位点分别位于两条不同的 DNA 链或染色体上，Cre 酶能介导两条 DNA 链的交换或染色体易位。